Здесь все довольно просто. Если работа какой то конкретной функции вызывает проблемы после применения автозащиты, ее легко найти и снять отметку:
Например, на скриншоте выше показаны результаты поиска по слову rotate. Если после автозащиты с параметрами по умолчанию было замечено, что в Paint.NET функция Повернуть изображение на 90 градусов стала работать гораздо медленнее, то легко найти ее и снять отметку Защищать.